最近思うのは、アウターマッスルとインナーマッスル、そのそれぞれのエクササイズにおける負荷の掛け方は同じで良いのだろうか、というものです。

アウターマッスルは瞬発的な動きを得意としますが、持久的な運動は苦手。
インナーマッスルはその逆で、持久的な動きは得意ですが、瞬発的な動きは苦手。

この場合は筋肉の質が赤とか白というのは考慮に入れておりません。
まあ、あれはどちらかというと先天性の要素が大きいようですが・・・

例え、その競技が持久的なものでも、使われるアウターマッスルは瞬間的な使われ方をする方が筋肉疲労を防げます。
どんな競技にしろ持久的な動きをするものは動きがエンドレスチェーンになっており、そのシーンそのシーンにおいて使われる筋肉は刻一刻と変わっていきます。
そして、どの競技でも肝心なのはインナーマッスル、大腰筋とかひらめ筋とかはジワーッとした使われ方をしても大丈夫ですが、大臀筋や大腿四頭筋のようなアウターマッスルで同じような事をすれば幾ら筋肉量が多くても直ぐに疲れてしまいます。

「姿勢保持筋」、もしくは「抗重力筋」という人間が直立二足歩行をするのに重要な筋肉があります。
これらの筋肉に定義も人によってマチマチですが、自分はアウターマッスルである大臀筋や大腿四頭筋は違うと思っています。

大臀筋ならインナーマッスルである中臀筋の方がまだ耐久力があるでしょう。
その代り、中臀筋は大臀筋に比べ瞬発的な力は弱い。

そういう観点から考えると、トレーニングでスポーツ障害を起こさないようにするには、アウターマッスルに対して持久的な負荷を掛けても効果が少ないだけで故障をする可能性は低いでしょうが、インナーマッスルに瞬発的な負荷を掛けるのは危険だと思います。

「インナーマッスルを鍛えて筋肥大」というのは考えない方が良いと思います。
陸上のスプリンターは一般より大腰筋が太いと言われています。
ただ、これも先天性のものがあり、元々大腰筋がそんなに太くない人が無理に筋肥大を求めても、特にインナーマッスルの場合ですと内部組織との干渉が起こり、腰痛その他の問題を引き起こる危険があります。
それよりは、大腰筋のスピード持久力を上げる、ような発想に切り替えて方が良いでしょう。

ですから、アウターマッスル1セット10回で3セットなら、インナーマッスルは50回で1セットだけ、まあこれはあくまで例ですが、そういうメニューの組み方もありだと思いますが、如何でしょうか？